Мне повезло получить основной результат в первый год обучения в аспирантуре, поэтому для его разработки и оформления не требовалось много времени. Да и аспирантура в России тогда очень сильно отличалась от зарубежной, мне кажется, низким уровнем ожиданий и слабой интенсивностью. Исследовательская работа практически не оплачивалась. Очень хочется верить, что сейчас дела обстоят лучше.
Интерес к экономике возник на последних курсах учебы в МГУ. Нас тогда пытались учить математической экономике, что на деле сводилось к использованию экономики лишь в самом начале — для объяснения, почему мы рассматривали именно такие уравнения, дальше шла сплошь математика. Но это была первая приоткрытая дверь в дивный новый мир, в котором я внезапно для себя осознал свое абсолютное невежество. Обычно в таких ситуациях я включаю режим ботана, а тут еще несколько друзей заинтересовались РЭШ, и я увязался за ними.
Чем больше узнавал о Школе, тем ярче в голове горела лампочка «Хочу!». Помню культурный шок, когда мы с Аней Лукиной (MAE’2011) впервые пришли на 17-й этаж ЦЭМИ РАН, чтобы разведать лично, что да как, и столкнулись с удивительной атмосферой дружелюбия и искренним желанием помочь. Это было так непохоже на бюрократично-отстраненный тон сотрудников университета, к которому мы привыкли!
Честно, я бы очень хотел, чтобы моя история шла по какому-то простому и понятному пути, но в моем случае все вышло довольно сумбурно. Несмотря на успехи в учебе, я не видел себя в аспирантуре по экономике. Во-первых, нужно было заканчивать аспирантуру в МГУ, во-вторых, мое сердце уже было занято математикой. Экономику я тоже люблю, но без помешательства 🙂
После окончания РЭШ я решил попробовать банковскую сферу — снова пошел за друзьями. Но чем ближе был конец аспирантуры, тем сильнее меня охватывал исследовательский пыл. В результате, когда я получил степень кандидата наук, начал по выходным искать позиции постдока в прикладной математике — очень долго и безуспешно. В какой-то момент осознал, что пора заниматься поиском full time. Когда я пришел к руководителю увольняться, он дал контакты кого-то в Чехии, кто знал кого-то, кто расширял группу и искал новые таланты... в Protein Engineering. Решил попробовать податься, и вот мы здесь. Я предупреждал, что будет хаотично 🙂
В Масарикове университете вы прошли путь от постдока до руководителя исследовательской группы. Расскажите подробнее, над чем вы работаете. Как машинное обучение помогает изучать и улучшать свойства белков?
Наверное, стоит пояснить для читателей, что такое белки. Это основная машинерия всех клеток, выстроенная примерно из 20 разных кирпичиков-«букв», — аминокислот, соединенных в цепочки в разных последовательностях. Сегодня известно более 250 миллионов этих последовательностей, и лишь о микроскопической части мы знаем, что именно они делают. Если просуммировать все «буквы», составляющие эти последовательности, получится что-то около четырех Википедий на английском языке! И пока конца не видно…
Поэтому даже на уровне последовательностей протеины уже несколько лет будоражат умы NLP-исследователей, ведь многие модели, используемые для обработки естественного языка, можно перепрофилировать на обработку белковых последовательностей. В этих последовательностях, как и в человеческих текстах, важны как и расположенные рядом «буквы», так и те, что в последовательности находятся далеко, но в трехмерной структуре белка оказываются рядом. Поэтому можно провести параллель с параграфом текста, в котором многие слова задают контекст как локально, так и на больших интервалах.
Кстати о структурах: нам очень нужны структуры белков, чтобы попытаться заглянуть внутрь и понять, что эти белки делают. Из экспериментов мы знаем лишь около 180 тысяч структур. Уже несколько десятков лет лучшие умы бьются за наиболее точные предсказания решенных, но еще не опубликованных структур. И вот пару лет назад Google DeepMind представил программу AlphaFold на базе AI, сделав большущий шаг в улучшении предсказаний пространственной структуры белка. А в прошлом году они выкатили AlphaFold2, и она просто перевернула мир структурной биологии, показав точность предсказаний, иногда сравнимую с экспериментальной! Теперь много исследовательских команд пытается разобраться в том, что же произошло и как жить с этим дальше.
В нашей группе мы работаем над меньшими по масштабам, но не менее важными вопросами. Их много, один из вопросов такой: что будет, если чуть-чуть поменять последовательность белка? Оказывается, даже замена одной «буквы» может как улучшить энзим в сотни раз, так и полностью его сломать и, например, вызвать какое-то неприятное заболевание. А если заменить еще одну букву? Простой подсчет показывает: вариантов замены 10% последовательности одного средненького белка больше, чем атомов во Вселенной. Механизмы работы белка настолько сложные, что здесь и пригождается машинное обучение. Сегодня генерируется огромное количество новых экспериментальных данных в разных областях науки о белках — уверен, мы будем часто слышать о новых научных революциях, подобных AlphaFold2.
Честно говоря, для меня наука — большая страсть и любимая работа, а размышления о миссии я оставляю своим более старшим коллегам. Перспективные применения повсюду: от новых лекарств и понимания механизмов различных заболеваний до более эффективных производственных цепочек. И это только если смотреть на известные белки. А сколько еще несеквенированных геномов! Двадцать лет назад мы и представить себе не могли, что у нас в руках будут инструменты для быстрого редактирования генома или переработки пластика. Кто знает, какие сумасшедшие открытия нас ожидают в следующие несколько лет? За это я и люблю науку.
Он помогает мне в жизни! Во всем: от принятия индивидуальных решений, подготовки презентаций, анализа ситуаций до понимания экономических процессов и глобальной политики. В работе мне очень пригождаются статистика и навыки анализа данных. На одном из забегов РЭШ я уже показывал Станиславу Анатольеву свои искусанные локти из-за того, что не выбрал его курсы на втором году обучения. Совет всем студентам: учите статистику, эконометрику, берите все курсы по анализу данных! Это тяжело, очень больно, но если справитесь, это будет одним из лучших выборов в вашей жизни.
У меня не было никаких ожиданий, я начал гуглить Брно только перед собеседованием. А теперь я его очень люблю и чувствую себя здесь как дома. В моем академическом пузыре разницы в менталитетах почти нет. Мне кажется, все ученые во всех странах примерно одинаковые, скорее, основные различия в личных качествах, нежели в культурном коде.
Чехи во многих аспектах напоминают нас: богатая культура, высокая сметливость, преимущественно светское воспитание, похожий отпечаток коммунистического периода, изначальное дистанцирование от окружающих, но теплота и открытость, как только они вас лучше узнали. С другой стороны, им присущи западноевропейские сдержанность, вежливость и учтивость. Я лишь пару раз видел, когда кто-нибудь терял самообладание, — здесь принято по умолчанию уважительно относиться к окружающим и свое мнение держать при себе. Еще из культурных различий: чехи предпочитают пиво и вино крепкому алкоголю. Поэтому вечера в пабах обычно проходят за очень мирной и долгоиграющей беседой, а не в гуле шумной вечеринки.
В течение года я жил в Англии и работал в Ливерпульском университете. Там меня поразила беспечность в отношении email-корреспонденции: проигнорировать первые три письма — стандартная практика. В Чехии я до сих пор пытаюсь примириться с привычкой громко при всех сморкаться. Представьте, вы на совещании, идет диалог, и тут кто-то достает платок и смачно так дует в него изо всей силы! Собеседники и бровью не ведут, продолжают обсуждение с poker face, из-за чего мне еще сложнее сдержать улыбку! Все дело в воспитании: чехи говорят своим детям, что шмыгать носом — очень неприлично, зато прочистить нос — естественная и здоровая привычка в любой ситуации.
Еще из смешного: я ходил с коллегами играть в волейбол, так они вместо воды пиво пьют! Когда я выказал удивление, они долго не могли понять, в чем дело, ведь пиво — отличный источник жидкости и электролитов.
У меня довольно спокойная жизнь: в свободное время хожу в спортзал, встречаюсь с друзьями, читаю книги, изучаю языки, смотрю лекции и сериалы, хожу по выставкам и концертам. В Брно очень хорошие театры, есть концертные залы и клубы, где можно послушать современную классическую музыку. Хочу чаще выбираться на природу — вокруг полно живописных уголков, но редко целый день выдается свободным.
С однокурсниками и друзьями из РЭШ общаюсь намного реже, чем хотел бы. В основном, если только бываю в их местах — сейчас все разбросаны по миру. Мы близкие друзья с Аней Лукиной, и чаще всего она мне передает новости от других выпускников. В Россию раньше удавалось пару раз в год приехать, теперь вот уже пару лет не был из-за волн и ограничений.
Я могу рассуждать только со своей колокольни. С точки зрения формального образования, безусловно, востребованы люди, которые знают статистику и программирование. Другой важный навык — способность переварить большой объем информации в сжатые сроки и превратить ее в понятные идеи. Это относится и к навыкам работы с данными, например визуализации или построению гипотез, и к ситуациям, когда нужно быстро найти нужную библиотеку, инструмент или статью. Причем чаще всего вам придется полагаться только на себя, так как у ваших коллег будут другие компетенции и проблемы. В связи с этим стоит упомянуть soft skills: способность находить общий язык с людьми с другим бэкграундом, писать связные непротиворечивые тексты и готовить внятные слайды, которые будут понятны неспециалистам. Это необходимый минимум. А дальше найдите тему, которая вас захватывает, и станьте в ней профи!
Во-первых, пробуйте. Начните делать, а там видно будет, — можно сколько угодно рассуждать, но вы все равно не угадаете, что получится в итоге. Во-вторых, слушайте свой внутренний голос. Если он уже несколько месяцев твердит, что дело, которым вы занимаетесь, не ваше, смело меняйте направление. У вас только одна жизнь, и за страдания вам пряник в конце никто не даст. Не воспринимайте перемены как нечто страшное, смотрите на них как на новые приключения, возможности открыть для себя мир с неизвестной стороны. И напоследок: разрешите уже себе ошибаться, вы ведь человеки 🙂 Просто по возможности старайтесь извлечь из ошибок урок на будущее.